Les missions opérationnelles de l’AGS sont assurées par un réseau réparti sur l’ensemble du territoire national. Celui-ci est organisé autour d’une Direction générale et de 15 CGEA (Centre de Gestion et d’Etude AGS).

Les Centres de Gestion et d’Étude AGS forment un réseau de proximité, en relation avec les différents interlocuteurs de la procédure collective garantissant l’harmonisation des traitements et la coordination des interventions au niveau national.

Elle a en charge le management global de l'institution, notamment :
• La coordination, afin d'assurer une gestion uniforme à tous les niveaux de l'organisation ;
• Le suivi, par la gestion budgétaire et le contrôle de l'accomplissement des missions ;
• L'assistance et le conseil technique dans le domaine juridique, l'établissement de la stratégie ;
• La Liaison avec les instances de l'AGS ;

Elle entretient des échanges permanents avec l’ensemble des acteurs et intervenants de son environnement professionnel et social :
• La Coopération avec les partenaires nationaux ;
• La Concertation avec les pouvoirs publics ;
• La Sensibilisation des acteurs de la procédure collective ;
• L'Information avec l'élaboration de publications juridiques et la diffusion de données statistiques exclusives.

La mission des CGEA repose sur l'exécution opérationnelle des missions avances, récupérations
et contentieux, avec principalement :
• La mise à disposition des fonds nécessaires au règlement des créances salariales auprès
des mandataires judiciaires ;
• La défense en justice des intérêts du régime de garantie des salaires ;
• L'optimisation du remboursement des sommes avancées ;
• La représentation de l'AGS auprès des mandataires de justice, des avocats, des tiers et greffes des juridictions.